ভারত সরকারের পক্ষ থেকে এখনো এই প্রতিবেদন নিয়ে কোনো মন্তব্য করা হয়নি। তবে অতীতে এই সংগঠনের প্রতিবেদনকে ভারতের পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয় ‘রাজনৈতিক অভিসন্ধিমূলক’ ও ‘পক্ষপাতদুষ্ট’ বলে মন্তব্য করেছিল।
কমিশনের বার্ষিক প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, ভারতে ধর্মীয় স্বাধীনতার হাল আরও খারাপ হয়েছে। ক্রমেই অবনতি হচ্ছে। ধর্মীয় সংখ্যালঘু ও তাঁদের উপাসনালয় হামলার শিকার হচ্ছে। ভারত সরকারই সে জন্য দায়ী।
প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, বিভিন্ন রাজ্যে জবরদস্তি ধর্মান্তকরণ ঠেকাতে কঠোর আইন তৈরি করা হচ্ছে। সেই আইনে এ–জাতীয় অপরাধের কঠোরতর শাস্তির বিধান রাখা হচ্ছে। বহু নাগরিককে বন্দিশিবিরে আটকে রাখা হয়েছে। ধর্মীয় সংখ্যালঘু ও নাগরিকদের বেআইনিভাবে বহিষ্কার করা হচ্ছে এবং বিভিন্ন বিষয়ে নজরদারির নামে সংখ্যালঘুদের ওপর নির্যাতন করা হয়েছে।
প্রতিবেদনে বিভিন্ন রাজ্যের এ ধরনের ঘটনাবলির উদাহরণও দেওয়া হয়েছে। যেমন আওরঙ্গজেবের সমাধি তুলে দেওয়ার চেষ্টায় মহারাষ্ট্রে বিশ্ব হিন্দু পরিষদের সহিংস আন্দোলন ও তাকে কেন্দ্র করে দাঙ্গা। কিংবা গত বছরের জুন মাসে ওডিশায় উগ্র হিন্দুত্ববাদীদের আক্রমণে ২০টি খ্রিষ্টান পরিবারের ক্ষতিগ্রস্ত হওয়া। ওই খ্রিষ্টান পরিবারের সদস্যরা জবরদস্তি ধর্মান্তরকরণে আপত্তি জানিয়েছিলেন।