১৯৬৯ সালের শেষ দিকে ছাত্রলীগের সম্মেলনে তিনি সভাপতি নির্বাচিত হন এবং আ স ম আবদুর রব সাধারণ সম্পাদক হন। এ সময় শেখ মুজিবুর রহমানের উদ্যোগে ছাত্রলীগের কিছু কর্মীকে নিয়ে স্বাধীনতার প্রস্তুতির লক্ষ্যে একটি গোপন সংগঠন গড়ে তোলা হয়, যার নাম ছিল ‘নিউক্লিয়াস’। এ বিষয়ে অনেক ভুল তথ্য প্রচলিত থাকলেও বাস্তবে এটি ছিল স্বাধীনতার জন্য প্রস্তুতিমূলক একটি সাংগঠনিক কাঠামো। শেখ ফজলুল হক মনি, সিরাজুল আলম খান ও আবদুর রাজ্জাক এর সঙ্গে যুক্ত ছিলেন। ১৯৭০ সালের মাঝামাঝি সময়ে যখন অনেকের মনে হয়েছিল সশস্ত্র সংগ্রামের প্রয়োজন হতে পারে, তখন এই সংগঠনের কার্যক্রম গুরুত্ব পায়। সামরিক প্রশিক্ষণের পরিকল্পনাও ছিল।
পরে যখন নিশ্চিত হওয়া গেল যে সাধারণ নির্বাচন অনুষ্ঠিত হবে এবং আওয়ামী লীগ ভালো ফল করবে, তখন এর কার্যক্রম অনেকটাই স্থগিত হয়ে যায়; কিন্তু ১৯৭১ সালের ২৫ মার্চের গণহত্যার পর ছাত্রলীগের নেতা–কর্মীরা ভারতে গিয়ে আবার সংগঠনটিকে সক্রিয় করেন। বিভিন্ন বর্ণনা অনুযায়ী এর সদস্যসংখ্যা কয়েক হাজার ছিল। ১৯৭১ সালের অক্টোবরে এর নাম পরিবর্তন করে ‘মুজিব বাহিনী’ রাখা হয়। এই বাহিনীর দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের দায়িত্বে ছিলেন তোফায়েল আহমেদ।
স্বাধীনতার পর শেখ মুজিবুর রহমান দেশে ফিরে তোফায়েল আহমেদকে নিজের রাজনৈতিক সচিব হিসেবে নিয়োগ দেন। এর পর থেকে তোফায়েল আহমেদকে সরকার ও রাষ্ট্রক্ষমতার অংশ হিসেবেই দেখা যায়। স্বাধীনতা-পরবর্তী সরকারের নানা কর্মকাণ্ড নিয়ে যে বিতর্ক সৃষ্টি হয়েছিল, তার কিছু অংশের সঙ্গে তাঁর নামও জড়িয়ে পড়ে। বিশেষ করে রক্ষীবাহিনী নিয়ে নানা অভিযোগ ওঠে। যদিও পরবর্তী সময়ে তিনি দাবি করেছিলেন, রক্ষীবাহিনীর দায়িত্ব তাঁর হাতে ছিল না।
